Der Ursprung des Qigong ist nicht vollständig geklärt. Sicher ist, dass am Anfang des Qigong die Beobachtung der Pflanzen- und Tierwelt stand. Die von Ackerbau und Jagd lebenden Völker schauten sich Prozesse in der Natur ab und nutzten dieses Wissen für ihr Überleben. Dies spiegelt sich noch heute in Tiernamen wie Affe, Tiger oder Kranich wieder, welche gewisse Übungen und Schrittfolgen des Qigong tragen.
Energieübungen, die dem heutigen Qigong ähnlich sind, finden seit langem in der Chinesischen Geschichte. Das erste Mal schriftlich erwähnt wurden ähnliche Prinzipien vor ca. 2000 Jahren. Zum Beispiel “Dao Yin”, ein Prinzip, das Qi zu leiten oder auch “Yangshen”, eine Technik zur Lebenspflege. Auch in der Abhandlung „Tao-Te-King“ (Daodejing) aus dem 3. Jahrhundert v. Chr., welche Laotse zugeschrieben wird, wird Qigong als heilende Kraft erwähnt. Bereits auf einem Seidentuch aus dem Grab des König Ma aus dem 2. Jahrhundert v. Chr. sind 44 Körperübungen zu sehen, welche alle Merkmale des heutigen Qigong aufzeigen.
Der Begriff „Qigong“ soll im 4. Jh. n. Chr. das erste Mal aufgetaucht sein. Eine grössere Verbreitung fand er in der Ming-Dynastie vom 14. bis 17. Jahrhundert. Die Energieübungen haben sich im Laufe der Zeit insbesondere in den Klöstern Chinas weiter entwickelt und sind heute fester Bestandteil der traditionellen chinesischen Medizin. So wie wir ihn heute kennen, also als Gattungsbegriff für Bewegungs-, Selbstheilungs- und Meditations-Methoden, wird Qigong erst seit Mitte des letzten Jahrhunderts verwendet.